Spor Toto 3. Lig'de 2013-2014 sezonunda takımların yer alacağı gruplar belli oldu.
Olimpiyatevi'nde yapılan kura çekimi sonucunda 18'er takımda oluşan 3 grup şöyle oluştu:
1. Grup
Tekirova Belediyespor, Ankara Demirspor, Adliyespor, Belediye Bingölspor, Kızılcabölükspor, Siirtspor, Adıyamanspor, OYAK Renaultspor, Payas Belediyespor 1975, Sivas 4 Eylül Belediyespor, Bergama Belediyespor, Derince Belediyespor, Silivrispor, Beylerbeyispor, Ümraniyespor, Fatih Karagümrük, Kahramanmaraş Büyükşehir Belediyespor, Trabzon Kanuni Futbol Kulübü
2. Grup
Manavgat Evrenseki, Hacettepe, Erzurum Büyükşehir Belediyespor, Elibol Sandıklıspor, Batman Petrolspor, Elazığ Belediyespor, Orhangazispor, Bursa Nilüferspor, Çorum Belediyespor, Balçova Belediyespor, Sakaryaspor, Darıca Gençlerbirliği, Çıksalınspor, Maltepespor, Sancaktepe Belediyespor, 68 Yeni Aksarayspor, Ünyespor, Düzyurtspor
3. Grup
Şekerspor, Keçiörengücü, Erzincan Refahiyespor, Denizli Belediyespor, Belediye Vanspor, Yeni Diyarbakırspor, Ayvalıkgücü Belediyespor, Kırıkhanspor, Yimpaş Yozgatspor, Menemen Belediyespor, Gölcükspor, Kocaelispor, İstanbulspor, Anadolu Üsküdar, Tuzlaspor, Kayseri Şekerspor, 1930 Bafraspor, Arsinspor