Aziz Yıldırım'ın ilk kez başkan seçildiği 1997-1998 sezonunda görev yapan Otto Bariç, sezonun sonunu göremeden Fenerbahçe'den ayrıldı.
Aziz Yıldırım, 1999-2000 sezonuna kulübün sembol isimlerinden biri olan Rıdvan Dilmen ile başladı. Dilmen, sarı lacivertlilerin ligde namağlup olunmasına rağmen UEFA kupasından elenmesi sonucunda görevini bıraktı.
Rıdvan Dilmen'in görevi bırakması sonrası Çek hoca Zdenek Zeman'ı takımın başına geçti. Pendik faciası ve Kadıköy'de Galatasaray galibiyeti yaşayan son Fenerbahçe teknik direktörü olan Zeman ile yollar çok geçmeden ayrıldı.
Aziz Yıldırım, 2000-2001 sezonu öncesinde o dönem A Milli takımdaki görevinden ayrılan Mustafa Denizli ile anlaştı. Denizli, Aziz Yıldırım'ın başkanlığı dönemindeki ilk şampiyonluğu takıma kazandıran ve Fenerbahçe'yi şampiyon yapan ilk yerli teknik adam ünvanının sahibi oldu. 2001 -2002 sezonda da Mustafa Denizli ile devam eden Fenerbahçe Şampiyonlar Lig ve ligde alınan kötü sonuçlar nedeniyle yolları ayırdı.
Aziz Yıldırım, Mustafa Denizli'nin istifası sonrası takıma ikinci kez Alman teknik adam tercihini kullanarak takıma Werner Lorant'ı getirdi. Lorant, 2001-2002 sezonunda sarı lacivertlileri ikinci yaptı. 2002-2003 sezonuna da Fenerbahçe'yi çalıştıran Lorant, Fenerbahçe'nin Galatasaray'ı 6-0 yenmesinde pay sahibi olsa da akabinde gelişen kötü sonuçlar neticesinde takımdan ayrıldı.
Oğuz Çetin'in sadece 3 maç kazananmış olması neticesinde Fenerbahçe, 2002-2003 sezonunu döneminin altyapı sorumlusu Tamer Güney ile tamamlayıp, 6. oldu.
2003-2004 sezonunda, bir başka Alman çalıştırıcı Christoph Daum'u getiren Aziz Yıldırım, göreve geldiği günden bu yana en parlak iki yılını geçirdi. İlk sezonunda Fenerbahçe'yi ligde şampiyonluğa taşıyan Daum, ikinci sezonunda da (2004-2005) şampiyonluğu rakiplerine kaptırmadı. 2005-2006 yılında ligi ikinci tamamlayan Fenerbahçe, Daum'un sağlık sorunlarını da gerekçe göstermesiyle yollar ayırldı.
2006-2007 sezonunda Fenerbahçe Teknik Direktörlüğü'ne getirililen Arthur Zico, 100. yılını kutlayan Fenerbahçe'yi şampiyonluğa taşıdı. Sarı-lacivertli takımı, ikinci sezonunda (2007-2008) UEFA Şampiyonlar Ligi'nde çeyrek finale taşıyan Brezilyalı teknik adam, ligde ikinci sırada kaldı. Sezon sonunda Zico ile anlaşamayan Aziz Yıldırım, teknik direktör için yine kolları sıvadı.
Aziz Yıldırım, 2008-2009 sezonu öncesinde İspanyol Milli Takımı'nı Avrupa Şampiyonu yapan Luis Aragones ile anlaştı. İspanyol teknik adam döneminde Şampiyonlar Ligi'nde hayal kırıklığı yaşayan Fenerbahçe, ligde ve kupada hedefe ulaşamayınca faturayı Luis Aragones'e kesti.
2009 yılında Fenerbahçe'de 2. Daum dönemi başladı. Şampiyonluğu son maçta kaybeden sarı lacivertlilerde Daum dönemi sona erdi.
Christoph Daum'un ikinci kez takımın başına geçtiği 2009-2010 sezonunda Fenerbahçe'de sportif direktörlük görevi yapan Aykut Kocaman, Daum'un ardından 2010-2011'de Aziz Yıldırım tarafından göreve getirildi. İlk sezonunda Fenerbahçe'yi şampiyonluğa taşıyarak, Denizli'nin ardından takımı şampiyon yapan ikinci Türk teknik direktör unvanını alan Kocaman, 29 yıllık kupa hasretini bitirip 2011-2012 sezonunda sarı-lacivertlilere Türkiye Kupası sevincini yaşattı. Aziz Yıldırım'ın en uzun çalıştığı hocalardan biri olan Aykut Kocaman, Avrupa kupalarında tarihi bir başarıya imza atarak Fenerbahçe'ye UEFA Avrupa Ligi'nde yarı final oynattı.