Futbola memleketi Karamürsel'in takımı Karamürsel İdman Yurdu'nda 12 yaşında başladı.5 yıl Karamürsel İdman Yurdu'nda maçlara çıktı.
2001'de ise Kocaelispor'a geçti. 2001-2002 sezonunda Kocaelispor'un PAF takımında forma giymeye başladı. Sonraki sezon da PAF Ligi'nde devam ederken, Kocaelispor'un küme düşmesinin kesinleşmesiyle 25 Mayıs 2003'te İzmir'de Altay ile oynanan lig maçında ilk kez Kocaelispor forması giydi ancak maçı 5-0 kaybettiler. 31 Mayıs 2005'ta ise ilk kez Kocaelispor formasıyla İsmetpaşa Stadı'nda lig maçına çıktı. Ancak bu maçta da Adanaspor'a 2-1 yenildiler. Böylelikle Hakan Arıkan sağ bek olarak başladığı futbolculuk hayatına kalede devam etti.
2005-06 sezonunun ikinci yarısı Ankaraspor tarafından transfer edildi.Ankaraspor ile ilk maçına 4 Ağustos 2006'da Galatasaray karşısına çıktı.Böylelikle kalecilik yaşantısına başlamış oldu. Bu maçta Ankaraspor 1-1 berabere kalırken, Arıkan maç içinde biri 15. dakikada biri 90+3'te, iki penaltı kurtardı. Bu maç ile adını duyurdu. Sezon sonu Ankaraspor 3 büyükler ve Antalyaspor'dan sonra en az gol yiyen takım oldu.
Arıkan, 2007-08 sezonu başlamadan Ramazan Kurşunlu ve 700.000€'ya Beşiktaş'a satıldı. 5 Ağustos 2007'de Beşiktaş'ın Fenerbahçe'yla oynadığı Süper Kupa maçında ilk 11'de başlayıp 90 dakika forma giydi ancak 2-1 yenilerek kupayı kazanamadılar. 11 Ağustos 2007'de Konyaspor ile İnönü'de oynanan lig maçı ise ilk lig maçı oldu.
Bu maçtan sonra ligde ikinci kaleciliğe düştü. 6 Kasım 2007'den sonra sadece 5 lig maçında forma giydi ancak kupada Beşiktaş'ın kalesini korudu.Hakan Arıkan kaleciliğe başladığı 2. yılında Beşiktaş forması giyerek büyük bir başarıya imza attı.
2008-09 sezonunun başında Rüştü'nün sakatlığı ile tekrardan kaleyi aldı. Ancak 2 Ekim 2008'de FC Metalist Kharkiv ile oynanan UEFA Kupası maçında bu sefer de 4 gol yiyince yine formayı Rüştü'ye kaptırdı, daha sonra 3 maçta forma giyebildi. Yine Türkiye Kupası maçlarında forma giydi. Sezon sonunda hem Süper Lig hem de Türkiye Kupası şampiyonluğu yaşadı. Sonraki sezon yine birinci kaleci olarak başlasa da kısa süre sonra geçirdiği sakatlık yüzünden kaleyi Rüştü'ye devretti ve sezonu ikinci kaleci olarak tamamladı. Manchester United ve VfL Wolfsburg maçlarında kaleyi korudu. Sezon sonu adı Galatasaray'la anılsa da Beşiktaş ile sözleşmesini uzattı.