Aziz Yıldırım, 15 Şubat 1998'de gerçekleştirilen olağan genel kurul toplantısında Vefa Küçük'ü 1 oy farkla geçti ve Ali Şen'nin ardından Fenerbahçe'nin 38. başkanı oldu. Kongrede Aziz Yıldırım 1469, Vefa Küçük 1468 ve Ömer Çavuşoğlu 157 oy aldı.
Bu kongrede başkanlık yarışını kazanan Yıldırım, yönetim kurulu listesinde ise kaybetti. Kongrede başkanlığa Aziz Yıldırım seçilirken, yönetim kurulunda Vefa Küçük'ün listesi kazandı.
Vefa Küçük'ün yönetim kuruluyla görevine başlayan Yıldırım, 13-14 Haziran 1998 tarihlerinde planlanan seçimli olağanüstü genel kurulda, tek aday olarak kendi listesiyle 2. kez başkan seçildi. Rakibinin yönetim kuruluyla 4 aylık bir çalışma dönemi geçiren Yıldırım, 14 Haziran'dan itibaren ilk kez kendi oluşturduğu listeyle çalışmaya devam etti. Bu kongrede Aziz Yıldırım'a 655, yönetim kurulu listesine ise 653 oy verildi.
Aziz Yldırım, göreve başladığında Fenerbahçe'yi bugünlerde Almanya Milli Takımı'nın başında olan Joachim Löw çalıştırıyordu. Sezon sonunda ligde şampiyon olamayan sarı-lacivertlilerde Löw ile yollar ayrıldı.
Löw'ün ayrılmasıyla teknik direktör arayışına başlayan Fenerbahçe, Rıdvan Dilmen ile anlaşmaya vardı. 1999 yılının haziran ayında sözleşme imzalayan Rıdvan Dilmen, Aziz Yıldırım'ın başkanlık döneminde teknik direktörlük görevine getirdiği ilk teknik adam olarak tarihteki yerini aldı.
Kısa bir süre takımın başında kalan Dilmen'in yerine İtalyan çalıştırıcı Zdenek Zeman getirildi. Zeman'la da istenilen başarı elde edilemeyince ve özellikle de Pendik faciası yaşanınca sezon sonu İtalyan çalıştırıcıyla yollar ayrıldı.
2000 yılının şubat ayında Vefa Küçük ile birkez daha başkanlık yarışına giren Aziz Yıldırım, Küçük'ü geride bırakarak 3. kez Fenerbahçe Kulübü Başkanlığı'na seçildi. Kongrede 2.657 oy alan Yıldırım, rakibine 683 oy fark attı.
Şampiyonluk hedefiyle sezona başlayan Fenerbahçe, 2000-2001 sezonunun başında Mustafa Denizli ile anlaştı.
Fenerbahçe, sezon başında transfer edilen Milan Rapaic, Haim Revivo ve Kennet Andersson gibi yıldızlarla kadrosunu güçlendirdi.
Sarı lacivertliler, Mustafa Denizli yönetiminde şampiyon olarak 4 yıllık hasretine son verdi. Bu aynı zamanda Aziz Yıldırım'ın Fenerbahçe Başkanı olarak yaşadığı ilk şampiyonluktu. Aziz Yıldırım, şampiyonluğun akabinde sağlık sorunlarını gerekçe göstererek istifa kararı aldığını açıklasa da yapılan baskılar sonucu başkanlığa adaylığını koydu birkez daha seçildi.
2001-2002 sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde "sıfır" çekilmesi ve alınan kötü sonuçlar nedeniyle Mustafa Denizli'yle de yollar ayrıldı. Devre arısnda Denizli'den boşalan teknik direktörlük görevine Alman Werner Lorant getirildi.
2-3 Mart 2002 tarihlerinde gerçekleştirilen seçimli olağan genel kurulda yeniden aday olan Aziz Yıldırım 5. kez sarı-lacivertli kulübe başkan seçildi. Tek aday olarak girdiği seçimde 2.175 oy alan Aziz Yıldırım, yola yeni Yönetim Kurulu ile devam etti.
Aziz Yıldırım'ın büyük yankı uyandıran transferlerinden biri de Ariel Ortega olmuştu. Ancak Maradona'nın formasının veliahtı olan Ortega'nın, Lorant'a emanet edilmesi de tartışmalara yol açmıştı.
Alman teknik adamla başarı sağlanamasa da Lorant dönemindeki 6-0'lık Galatasaray'a zaferi tarihe geçti.
Fenerbahçe Başkanı, 6-7 Mart 2004 tarihlerinde gerçekleştirilen seçimli genel kurulda 6. kez başkan seçildi. Son 3 kongrede olduğu gibi yine rakipsiz olan Yıldırım, 3.586 üyenin katıldığı genel kurulda, 3.555 oy aldı.
2003-2004 sezonunun şampiyon tamamlayan sarı lacivertliler, bir sonraki sezona da Cristoph Daum ile başladı. Brazilya'nın Cruzeiro takımından transfer edilen Alex De Souza ve sezon ortasında takıma katılan Fransız golcü Nicolas Anelka ile kadrosuna güç kattı.
Yapılan tüzük değişikliğiyle başkanlık görev süresi 3 yıla çıkarılan Fenerbahçe'de, 4-5 Mart 2006'da gerçekleştirilen olağan genel kurulda Aziz Yıldırım 7. kez başkan seçildi. Yıldırım, yine tek aday olarak girdiği kongrede 3.676 oy aldı.
Cristoph Daum yönetiminde 2 kez üst üste şampiyon olan Sarı Kanaryalar, 2005-2006 sezonunda Alman teknik adamla 3. şampiyonluğu istiyordu. Ancak istenilen gerçekleşmedi. Türk futbol tarihine 'Denizli Faciası' olarak geçen maçta Fenerbahçe, lig son haftasına lider girmesine karşın Denizli'de puan bırakınca şampiyonluğu ezeli rakibi Galatasaray'a kaptırdı. Bunun sonucunda da Daum ile yollar ayrıldı.
Aziz Yıldırım, kaybedilen sampiyonluk sonrası ikinci kez istifasını açıkladı. Camiadan gelen yoğun baskılar üzerine kararını değiştiren Aziz Yıldırım, 24-25 Haziran 2006 tarihlerinde gerçekleştirilen olağan üstü genel kurulda tek başına aday olarak 8. kez Fenerbahçe Kulübü'ne başkan seçildi. Kongrede Aziz Yıldırım, 2.824 üyeden oy aldı.
2006-2007 sezonunda 100. yılını kutlayacak olan Fenerbahçe'de başkan Aziz Yıldırım, transfer için kolları sıvadı. Önce Daum'dan boşalan teknik direktörlük görevine dünyaca ünlü Brezilyalı teknik adam Arthur Zico'yu getirdi.
Futbol takımının başına Zico'yu getiren Yıldırım, Fenerbahçe'ye dünyaca ünlü bir futbolcu getirme niyetindeydi. Bunun sonucunda Real Madrid'in dünyaca ünlü sol beki Roberto Carlos ile anlaşmaya varıldı.
2006-2007 sezonuna Arthur Zico yönetiminde başlayan sarı-lacivertliler, sezonu Beşiktaş'ın önünde şampiyon olarak tamamladı. Bu şampiyonluk Aziz Yıldırım'ın 4. şampiyonluğu oldu.
Aziz Yıldırım başkanlığında 100. yılda bütün branşlarda şampiyonluk yaşayan Fenerbahçe, tarihi bir başarıya imza attı.
Şampiyonlar Ligi G Grubu'nda Inter, PSV ve CSKA Moskova'nın bulunduğu gruptan çıkan Fenerbahçe, 2. turda İspanyol ekibi Sevilla'yı eleyerek adını çeyrek finale yazdırdı. Tarihinde ilk defa Şampiyonlar Ligi'nde çeyrek finale çıkan sarı-lacivertliler, İngiliz devi Chelsea ile eşleşti. Fenerbahçe, rakibini Kadıköy'de 2-1 yenmesine rağmen İngiltere'de 2-0 yenilince yarı finale çıkma şansını değerlendiremedi.
Sarı-lacivertliler, Avrupa'da fırtına gibi esse de ligde başarı gelmeyince Zico ile yollar ayrıldı. 2008-2009 sezonu için İspanya'yı 2008 Avrupa Şampiyonluğu'na ulaştıran İspanyol Luis Aragones ile anlaşmaya varıldı. Bunun yanı sıra İspanya Gol Kralı Daniel Guiza da takıma katıldı.
Aziz Yıldırım, 23-24 Mayıs 2009 tarihlerinde yapılan olağan genel kurulda Şadan Kalkavan ile başkanlık yarışına girdi. Rekor katılımlı kongrede 6.401 üye oy kullanırken, bunların 6.335'i geçerli oldu. Kongre oyların 5.053'ünü alan Yıldırım, 9. kez başkanlığa seçildi. Kalkavan 1.216 oy alırken, diğer bir aday Funda Sibel Pala'ya ise 66 oy çıktı.
Tekrar teknik direktör arayışlarına başlayan Aziz Yıldırım başkanlığındaki Fenerbahçe, bir kez daha Christoph Daum'la anlaşmaya varıldı.
Daum ile 3 yıl üst üste şampiyonluk hedefi koyulsa da ilk sezon hüsranla sonuçlandı. 2006 yılında Denizli'de yaşanan 'facia' 2010 yılında birkez daha tekrarladı. Ligin son haftasına lider giren Fenerbahçe, Kadıköy'deki Trabzonspor maçında puan kaybedince şampiyonluğu Bursaspor'a kaptırdı. Bununla birlikte Alman teknik direktörle tekrar yollar ayrıldı.
Takvim yaprakları 3 Temmuz 2011 Pazar'ı gösterdiğinde Türkiye'de taş taş üzerinde bırakmayacak bir operasyon başladı. "Futbolda Şike" adıyla anılacak operasyonda birçok başkan, futbolcu ve yönetici önce gözaltına alındı ardından da cezaevine gönderildi. Tutuklananlar arasında Aziz Yıldırım da vardı.
Şike davası boyunca başkanlarının suçsuz olduğuna inanan milyonlarca Fenerbahçe taraftarı, maçlarda, davanın görüldüğü İstanbul Adalet Sarayı önünde, sokaklarda Aziz Yıldırım'a destek oldu.
Bu davanın sportif yansımaları da vardı. Sarı-lacivertliler 2011-2012 sezonunda Şampiyonlar Ligi'ne alınmadı. TFF'nin soruşturması sonucunda Aziz Yıldırım ceza almadı, aynı zamanda Fenerbahçe'nin 2010-2011 sezonu şampiyonluğuna dokunulmadı. Ancak aynı soruşturmada Fenerbahçeli 2 yöneticinin ve rakip futbolcuların aldığı cezalar tartışma konusu oldu.
Tüm bu çalkantılar içinde takımın yükünü çeken Aykut Kocaman yönetiminde Fenerbahçe, sezonu 2. sırada tamamladı. Play-Off'un son maçında Galatasaray'ı ağırlayan sarı lacivertliler, rakibini yenmeyi başaramayınca Kadıköy'de kupayı kaldıran Cim Bom oldu. Diğer yandan Fenerbahçe, Türkiye Kupası final maçında Bursaspor'u 4-0 mağlup ederek 29 yıllık kupa hasretine son verdi.
Yıldırım'ın bir diğer büyük tesis hamlesi de bu döneme denk geldi. Basketbol takımının maçlarını oynadığı 15.000 seyirci kapasiteli Fenerbahçe Ülker Sports Arena, 25 Ocak 2012'de açıldı. Metris'te tutuklu bulunan Yıldırım, açılışa katılamadı.
Sezon bittikten sonra tahliye olan Aziz Yıldırım, şampiyonluk elde edilememesine rağmen Aykut Kocaman'la yola devam kararı aldı.
Aziz Yıldırım'ın başkanlığı dönemindeki çok tartışılan bir diğer olay ise Alex'in ayrılışı oldu. 2012-2013 sezonunda yaşanan kriz sonrası Brezilyalı yıldız, takımdan gönderildi. Bu dönemde Alex'in açıklamaları, taraftarların tepkileri ve Başkan Yıldırım'ın havaalanında tercüman Samet Güzel ile birlikte yaptığı açıklamalar uzun süre gündemde kaldı.
Bu sezon 3 kulvarda yoluna devam eden Fenerbahçe, ligde istikrarsız bir görüntü sergilese de UEFA Avrupa Ligi'nde 2. tura yükseldi. Sarı-lacivertliler, Türkiye Kupası'nda da adını yarı finale yazdırdı.
İşte Aziz Yıldırım'ın Fenerbahçe Başkanlığındaki 15 yılının özeti böyle. Başarıları, başarısızlıkları, ilkleri, hataları, sert çıkışları, "AzizSilin" diye tabir edilen müdahale iddiaları, dünyaca ünlü yıldızları transfer etmesi, fenerbahçe'yi ekonomik olarak sıçratması ve elbette ki 3 Temmuz sürecinde yaşadıkları ile Türkiye'nin en çok tartışma konusu olan başkanı o... Ve en azından bir süre daha yine çok tartışılacakbir isim gibi görünüyor...